Tout commence il y a fort longtemps, au Néolithique. A cette époque, soit 5 000 ans avant Jésus-Christ, une civilisation apparaît sur l'île de Malte. D'après les vestiges retrouvés dans la grotte de Ghar Dalam située près du port de Marsaxlokk, les premiers habitants seraient venus de Sicile. Cette époque est appelée " Skorba " du nom de la localité sicilienne où furent trouvées des poteries semblables à celles de Ghar Dalam.
Ces éleveurs et agriculteurs disparaissent vers 3 200 ans avant notre ère, sans doute balayés par de nouveaux arrivants, eux aussi venus de Sicile et possédant une culture plus élaborée.
Leurs particularités : être bâtisseurs et enterrer leurs morts collectivement comme le révèlent les tombes de Zebbug, site qui donnera son nom à cette nouvelle ère, et surtout l'étonnant hypogée de Hal Saflieni. Découvert au début du XXe siècle près de la ville de Paola, cette nécropole souterraine forme un vaste dédale de salles, de passages étroits et d'escaliers sur trois étages s'enfonçant à plus de dix mètres sous terre. Plus de 7 000 personnes y auraient été enterrées.

La technique s'améliorant, les sites funéraires font surface. Commence alors une époque remarquable et monumentale dont il reste l'imposant temple de Ggantija, sur l'île de Gozo, et ceux tout aussi impressionnants de Hagar Qim, Mnajdra et Tarxien sur l'île de Malte. Ces ensembles de pierres de calcaire gardent encore l'essentiel de leurs secrets. Personne ne sait et ne peut expliquer comment ce peuple a pu tailler, transporter et percer ces mégalithes de plusieurs tonnes. Déambuler dans les temples de Mnajdra, de Hagar Qim et de Tarxien, les mieux conservés, est tout simplement confondant. Les salles se succèdent, la plupart en forme de feuille de trèfle. Les hauts murs sont formés de blocs agencés avec minutie. Pas de liant ni de ciment. Ici et là, portes et ouvertures ont été creusées qui permettent de passer d'un temple à l'autre. Sur les pierres, des signes, des spirales, des frises dont la signification s'est évanouie au fil des siècles.
Le culte honoré dans ces temples reste lui aussi bien mystérieux. Seul indice, ces représentations de femme retrouvées dans les temples d'Hagar Qim et de Tarxien qui semblent indiquer un culte voué à la Déesse-Mère, symbole de fertilité et de fécondité. Et puis, plus rien. Cette civilisation de bâtisseurs disparaît sans crier gare vers 2 500 ans avant Jésus-Christ.

Les temples sont laissés à l'abandon ou partiellement réutilisés par une nouvelle population qui, si elle maîtrise l'usage du bronze, ne possède visiblement pas le génie créateur de ses prédécesseurs. Le village préhistorique de Borg-in-Nadur est l'unique vestige laissé par ces habitants.