L'histoire de Malte ne s'arrête pas avec le départ des chevaliers. L'intermède français dure à peine deux ans. Le 5 septembre 1800, les Anglais s'emparent des îles. La souveraineté britannique sera définitivement consacrée par le traité de Paris de 1814. Si l'ouverture du canal de Suez engendre une augmentation du trafic maritime, Malte ne parvient pas à faire décoller son industrie.
Nombre d'insulaires partent chercher fortune ailleurs et le sentiment nationaliste se nourrit des maladresses anglaises.

Plusieurs manifestations sont réprimées dans le sang. Une constitution dotant l'île d'un gouvernement autonome est accordée en mai 1921. En 1934, le maltais est reconnu comme langue officielle. Malheureusement, les prémices de la seconde guerre mondiale se font déjà sentir et l'Angleterre en profite pour renforcer sa présence militaire. Proche de l'Italie, toujours verrou du détroit de Sicile, Malte fait obstacle aux visées nord-africaines de Mussolini et d'Hitler. Bombardée sans relâche pendant plus de deux ans, l'île tient, résiste mais à quel prix. 6 500 tonnes de bombes pour la seule année 1942, près de 2 000 victimes civiles, des dizaines de milliers de maisons rasées, une économie exsangue.

Mais cet héroïsme ne sera pas vain. Dès 1947, un gouvernement autonome est installé. Une nouvelle constitution est promulguée qui permet aux nationalistes de remporter les élections. Le 21 septembre 1964, Malte est proclamée indépendante bien que toujours rattachée au Commonwealth. Le premier président de la république est élu en 1974 et les derniers soldats britanniques quittent le sol maltais en 1979. Malte, désormais seule juge de son avenir, ouvre rapidement des négociations avec le Conseil de l'Europe.
Abandonnée puis reprise, la candidature à l'Union Européenne est finalement acceptée par tout un peuple un certain 1er mai 2004.